Desa Margomulyo terletak di Kecamatan Tayu, Kabupaten Pati, Provinsi Jawa Tengah, Indonesia. Tayu adalah salah satu kecamatan di Kabupaten Pati dan merupakan bagian dari wilayah Jawa Tengah bagian utara. Pati sendiri adalah salah satu kabupaten di Jawa Tengah yang memiliki sejarah dan kebudayaan yang kaya serta wilayahnya sebagian besar terdiri dari dataran rendah.

Letak Desa Margomulyo sekitar 3.5 km dari kota Tayu, dengan batas-batas:

• sebelah barat Desa Kedungsari, Desa Pakis
• sebelah timur Laut Jawa
• sebelah utara Desa Jepat Kidul, Desa Tunggul Sari
• sebelah selatan berbatasan dengan Desa Margotuhu, Desa Semerak

Kondisi Geografis :

• Ketinggian tanah dari permukaan laut : 4 meter
• Topografi (dataran rendah, tinggi, pantai) : Pantai
• Suhu udara rata : 24 derajat celcius

Orbitasi (Jarak dari puesat pemerintahan desa) :

• Jarak dari pusat pemerintah kecamatan : 4 km
• Jarak dari pusat pemerintah kabupaten : 25 km
• Jarak dari ibu kota provinsi : 100 km
• Jarak dari ibu kota negara : 585 km

Pertanahan : 

• Sertifikat hak milik : 244,000 ha
• Tanah bengkok : 29,7043 ha
• Tanah bondo desa : 23,7043 ha
• Tana desa lainnya : 9,500 ha
• Jalan : 7 km
• Sawah dan ladang : 274,714 ha
• Bangunan umum : 60,000 ha
• Pemukiman : 104,800 ha
• Pekuburan : 1,500 ha
• Lain-lain : 47,133 ha
• Perkantoran : 0,120 ha
• Tanah wakaf : 0,500 ha
• Irigasi teknis : 56,500 ha
• Irigasi setengah teknis : 115,032 ha
• Irigasi sederhana : 43,182 ha 
• Pekarangan kering : 160,000 ha
• Perladangan : 11,000 ha
• Tegalan : 5,000 ha